Az agydaganatok prognózisa két tényezőtől függ: a jó-, illetve a rosszindulatúságtól, valamint a lokalizációtól.
Lokalizáció tekintetében létfontosságú helyen (pl. nyúltvelő, beszédközpontok) keletkező jóindulatú daganat lehet, hogy rosszabb prognózisú, mint az időben felfedezett rosszindulatú daganat, mely neurológiai deficit nélkül megoperálható ill. kezelhető.
Koponyaüregi daganatok esetében a "jóindulatúság" kritériuma még az is, hogy a daganat olyan elhelyezkedésű legyen, hogy az műtétileg az agy és az agyi erek károsítása, megsértése nélkül eltávolítható legyen.
Elhelyezkedhet néha olyan helyen is, amihez alig, vagy egyáltalán nem lehet hozzáférni anélkül, hogy ne okoznának lényeges károsodást az idegrendszer működésében. Így tehát biológiailag jóindulatú a daganat, de lefolyását tekintve lehet rosszindulatú és minden beavatkozás ellenére néha a beteg halálát okozhatja.
